東林書院創建于北宋政和元年即公元1111年，是當時知名學者楊時長期講學的地方。后廢。明朝萬歷三十二年，也就是公元1604年，由東林學者顧憲成等人重興修復并在此聚眾講學，他們倡導"讀書、講學、愛國"的精神，引起全國學者普遍響應，一時聲名大著。顧憲成撰寫的名聯"風聲雨聲讀書聲聲聲入耳，家事國事天下事事事關心"更是家喻戶曉，曾激勵過多少知識分子，對我國傳統文化思想發展促進極大。有"天下言書院者，首東林"之贊譽。東林書院成為江南地區人文薈萃之區和議論國事的主要輿論中心。 
 
    明朝天啟五年，也就是1625年，以魏忠賢為首的閹黨集團大興冤獄，誣稱東林講學之人為"東林黨"，進行殘酷迫害，書院也被強令拆毀。崇禎帝即位后，懲處閹黨，昭雪東林，同時下旨修復書院。以后，書院屢經滄桑，幾經修葺，沿存至今。東林書院是國內一處有重大影響的著名歷史文化古跡。其建筑功用主要分講學、藏書、及祭祀等部分。修復后整個書院建筑基本保持明、清時期風貌。現為江蘇省文物保護單位，省、市愛國主義教育基地。

    "道南祠"是東林書院內一處重要建筑，始建于明萬歷三十二年。由大門、前堂、享堂組成。當時系用官資建造，為祭祀東林書院創始人楊時的祠堂。其堂名來歷，就是楊時一次南歸時，他的老師陳顥目送他，說：“吾道南矣”。祠名“道南”，一為紀念，一為表示繼承學脈傳統。道南祠除祭祀歷代東林先賢人物之外，清代，其前堂也是開習舉業后，考課生員的地方。其建筑歷朝均作修繕。民國三十六年，無錫地方人士曾捐資60萬對道南祠進行修理；1982年，政府撥款對道南祠大門、前堂、享堂進行全面修復。同時恢復了大門上原懸掛的清光緒年間無錫知縣廖綸題書的"道南祠"匾額。

      ２００２年６月開始，直接投入８５０萬元，書院開始了歷史上最大規模的整修。全面修復后，書院占地面積達１５０００平方米，建筑面積３０００多平方米，再現了明清時期的布局形制和鼎盛時期的風貌。 書院布局為東、中、西三條軸線。中軸線上分布有書院正門、石牌坊、東林精舍、麗澤堂、依庸堂、燕居廟、三公祠等講學建筑。東林書院的標志性建筑和象征就是石牌坊，又稱馬頭牌坊，它位于書院中軸線的導入部位，為三間四柱五樓石坊，坊額上題“東林舊跡”和“后學津梁”，坊上雕刻有二龍戲珠、丹鳳朝陽、獅子滾繡球、鯉魚跳龍門等精美圖案。書院的主體建筑依庸堂就是那副傳世名聯所掛之處，也是東林學派學術領地的象征，被一代學人尊為“南國杏壇”，所謂“腳跡得入依庸堂，人生一大幸事”。堂內保存有明代《依庸堂記》碑刻原石。

      書院西軸線上有晚翠山房、來復齋、心鑒齋、尋樂處、小辨齋等建筑。東軸線則由祭祀東林書院創始人楊時的道南祠以及報功祠、時雨齋、草廬、東林庵等建筑組成。東林書院此次整修重新疏浚了東軸線旁的弓河，并保留了一段有４００年歷史的駁岸。文物專家表示，以弓河為界，把文物保護和城市景觀自然地融為一體，既有利于文物保護，又能把東林的歷史文化有效拓展和延伸。