海子山自然保護區位于稻城縣北部高原區，是青藏高原最大的古冰體遺跡，以“稻城古冰帽”著稱于世。總面積3723平方公里，其中理塘縣約占2/3，稻城縣約占1/3。保護區最低海拔3400米左右，最高海拔5050米，平均海拔4000米，保護區是古地中海隨喜瑪拉雅山系隆起而抬升起來的高原丘陵，是青藏高原的一部分，保護區1/4為原古地中海海底石礫堆積，1/4為川滇高山櫪---揚樹，冷云杉等主要樹種組成的原始森林，2/4是高寒濕地—草甸----灌叢。區內共有1145個大小湖泊，其規模密度在中國是獨一無二的，因高山湖泊藏族又叫海子，所以得名海子山。

保護區是以高寒濕地生態系統為主要保護對象的自然保護區。其高寒濕地生態系統是四川省和中國都少見的保存得如此完好的區域。濕地生態系統功能非常完整，草甸和灌叢保存非常好，沒有過牧現象；湖泊沒有其他地方出現的萎縮現象；除星羅棋布的湖泊群外，海子山的高寒草甸和高山灌叢坡度小于30度的有1/3以上是濕地生態系統。原始森林保存完好，冷云杉林和川滇高山櫪林的林齡均在600年以上，還有千年古柏，千年古楊樹。這些構成了海子山自然保護區完好的生態系統。