神秘谷為天柱山一大奇觀，位于飛來峰下，號稱花崗巖洞第一秘府，有“天柱一絕”之稱。道家奉此為司元洞府。地理位置十分險要，谷長五、六華里，全谷巨石交錯，危洞幽深，谷底54個洞穴形態各異，云集交錯，洞連洞，洞套洞，洞中有洞，洞洞相連，移步換景，神秘莫測。洞內有牖，有庭，有門，有石梯，有石欄，九曲回廊，豁然開朗。狹窄處，屈身匍行；寬敞處，數人并陳。谷旁古樹虬枝，如鐵壁掛畫，谷內怪石異草，似丹墀仙境，引人入勝。 　　

神秘谷位于花蓮縣秀林鄉富世村內，入口處位在距離太魯閣1公里的收費站旁，循收費站旁指標下溪谷，可見對岸山棱間有一道清溪流出，即立霧溪支流砂卡礑溪，溪水清淺可涉，由此溯行約60分鐘可達神秘谷，太管處已完成往神秘谷的游憩步道，但檢查哨后已無明顯路跡，切勿冒然前往，一般游客多在收費站附近下游游玩。