南麂島地處亞熱帶，海洋的自然環境條件優越，特色鮮明。1990年9月經國務院批準列為我國首批五個國家級海洋類型自然保護區之一，1998年12月又成為我國目前惟一納入聯合國教科文組織世界生物圈保護區網絡的海洋類型自然保護區。它是一個以保護海洋生物多樣性為目標、以海洋貝藻類及其生態環境為主要對象的特定海洋生態系統保護區。南麂列島長期受海浪和潮汐的侵蝕和沖擊，基巖裸露，且多呈陡崖峭壁。列島岸線曲折，岬角叢生，海灣眾多。地貌形態則以海蝕地貌為主，海積地貌不甚發育。 南麂列島遠離大陸，海水清澈，含沙量低，海域底質以粉砂質粘土為主，海底地形自西向東南下傾，水深一般在15m-25m之間，南麂島東北和西南兩側為深水通道，其水深在30m以上，最深處達45m。南麂島為主島，位于列島中央，其地理坐標為27°27′N，121°05′E，西至大陸最近點45km。該島呈東南——西北走向，全長約5.3km，東西最寬處3.3km，最窄處僅150m；面積為7.64km2，最高點海拔229m,岸線長24.8km，有大沙岙、火炬岙和馬祖岙、國姓岙4個海灣，分置于東南和西北兩個方向，以致南麂島形似奔麂狀而得名。