創建于1959年，1980年遷至現館址—崇明學宮，并于1987年對外開放。崇明學宮系明清時期的古建筑群，在修復了主體建筑后；1999年12月28日，崇明縣博物館新館在此基礎上建成開放。目前的基本陳列是《崇明島史與古船陳列》和《崇明民俗陳列》。