園區規劃面積約6.76平方公里（陸域3.03平方公里），由五個展園島、四個生態景觀島和兩個半島組成，主要包括園博會主展區、中華教育園、海洋文化島、溫泉島等功能區和相關配套設施。建成后的園博園島群地形，是經過杏林灣區清淤吹沙充填，并從區域外補充350多萬立方米沙壤土和田園種植土人工造地形成的。

    第六屆園博會主展區規劃范圍為園博島、閩臺島、入口管理服務區三部分，規劃用地總面積約110公頃。在主展區中，首次將按主要園林流派規劃為國內三大園林流派園區（北方園區、江南園區、嶺南園區）、民族風情園區、現代園區、國際園區、閩臺園區、風景園林師園區和公共園區。這里將建設成為一個與周邊文教區、水上運動區、城市新區相和諧，具有地域、歷史、文化特色，展現中國主要園林流派風格的水上園博園，內容涵蓋園林花卉、休閑旅游、自然生態、文化藝術和商貿交流，是一次富有閩臺特色的綜合盛會。