貝加爾湖位于俄羅斯東西伯利亞南部，坐落在一個很深的構造地帶，四周高山圍繞，有的山高出湖面2000米。

貝加爾湖的岸邊有死火山遺址。地殼運動尚在繼續，偶爾發生強烈地震。1862年的_次地震淹沒了色楞格河三角洲北部約200平方公里的土地，使貝加爾湖出現了一個稱為普羅瓦爾的新灣。地殼斷裂處不斷有新的熱泉產生。

貝加爾湖的海豹正躺在巖石上懶懶地曬太陽湖底谷地兩岸地形不對稱，西岸為陡坡，東岸坡勢較緩。8%的湖底很淺，只有50米深。曲折的湖岸線總長2100公里。東岸有一半島伸入湖中，名圣角。湖中共有27個島嶼，最大的是奧爾洪島，面積725平方公里。

湖區氣候比周圍地區溫和得多。1~2月氣候平均零下20。左右，湖面冰凍期5個月，5月解凍。表面水溫在8月約為13°，湖水淺處達20°，浪高可達4.6米。湖水清澈，水深40米處清晰可見。礦物質和鹽分含量很少。

貝加爾湖如今已被列入世界人類文化和自然保護名錄。