藏經殿在赤帝峰下，從南岳廟上行，約一公里。寺始建于南朝陳光大二年（五六八），為慧思祖師道場。陳后主妃曾避亂于此，拜慧思法師為師。慧思學識卓越，佛思敏銳，生前曾把佛教和當時高度發達的中國文化傳給了日本僧人，傳說死后還托生為日本的王子，在日本佛教史上很有影響。明太祖曾賜該寺《藏經》一部，后失散。今存大殿為一九三一年所重建。此處古樹參天，環境幽靜，以風景秀麗而著名，為南岳之“一絕”，今已辟為植物園，玉蘭和其它奇花異草甚多。