經過祭廳，便是大殿。大殿為禹廟主要建筑,重檐飛角，畫棟雕梁，屋脊上塑有游龍、逆龍、鳳凰，逆龍背上插有利釗，以示大禹與洪水搏斗之景。殿正中平臺上，塑有大禹之像，髙六米，身著黑底朱雀雙龍華袞，雙手捧圭;冕旒之下，面帶憂民之情。大殿兩側粗大的柱子上書有“江淮河漢思明德，精一危微見道心”的楹聯。殿的前左側，還有一座御碑亭V碑文是清乾隆所書，故名。

窆石亭甶大殿東側的小坡上。亭內直立著一塊高二米三，圍徑二米一的大石，叫做空蹇石，亭名亦因此而來。相傳這塊大石，是大禹治水回家系船之石r石頂端的圓孔即為系纜之用。但也有人認為，窆石是大禹下葬時的一種工具。有人說，窆石是下葬后的鎮石，是作為陵墓標志而放置的。窆石四周刻有不少文字，其內容是篆書刻辭，后人題詠，由于年代久遠，這些文字已模糊不清，但龍朝夫的題詩，經魯迅先生考析，還可誦讀。

詩云：“沐雨櫛風天暇日，.胼胝還見圣功勞。古柏參天表元氣，r梅梁赴海作波濤。至今遺跡衣冠在，長使空山魑魅號。欲覓冢陵尋窆石，山僧為我剪蓬蒿�！苯�代紹興著名書法家徐生翁的題字“會稽山萬古，此石萬古”還比較醒目。亭旁還立有巨碑兩方，上書“石紐”、“禹穴”。傳說大禹生于西羌石紐村，葬于會稽，故有此兩碑。