總統(tǒng)府，迄今已有600多年的歷史。明朝初年曾是歸德侯府和漢王府。清朝為江寧織造署、江南總督署、兩江總督署。清朝康熙、乾隆皇帝下江南時均以此為“行宮”。1853年3月太平軍占領(lǐng)南京，定都天京，洪秀全在此興建了規(guī)模宏大的太平天國天朝宮殿（天王府）。清軍攻破南京后，焚毀宮殿建筑，于同治九年（1870）重建了兩江總督署。林則徐、曾國藩、李鴻章、劉坤一、沈葆楨、左宗棠、張之洞、端方等均任過兩江總督。1911年10月辛亥革命爆發(fā)后，1912年1月1日，孫中山在此處宣誓就任中華民國臨時大總統(tǒng)，并組建了中國歷史上第一個共和制的國家政權(quán)──中華民國臨時政府。

1912年4月，臨時政府結(jié)束，在這里成立了以黃興為留守的南京留守府 ；1913年“二次革命”中 ，又成為討袁軍總司令部，黃興、何海鳴先后任司令。1913年至1927年，這里先后成為江蘇都督府、江蘇督軍署、江蘇將軍府、江蘇督辦公署、副總統(tǒng)府、宣撫使署、五省聯(lián)軍總司令部、直魯聯(lián)軍聯(lián)合辦事處等機構(gòu)。軍政主官有程德全、張勛、李純、齊燮元、盧永祥、馮國璋、孫傳芳、楊宇霆、張宗昌等人。1927年4月南京國民政府成立后不久，即于9月移駐這里辦公。1928年10月，國民政府實行"五院制"，辟國民政府東院（東花園）為行政院辦公處 ，國府西院（西花園）為國民政府參謀本部和主計處。至1937年11月，譚延闿、蔣介石、林森先后任國民政府主席；譚延闿、宋子文、蔣介石、陳銘樞（代理）、孫科、汪精衛(wèi)先后任行政院長 ；李濟深、何應(yīng)欽、朱培德、蔣介石、程潛先后任總參謀長；陳其采為主計長。

1937年12月南京淪陷后，國民政府先后成為日軍第16師團部和偽維新政府行政院，以及汪偽政府的立法院、監(jiān)察院和考試院；國府東院成為偽交通部、鐵道部等機構(gòu)；國府西院成為偽軍事參議院。1946年5月，國民政府"還都"南京后，這里仍為國民政府所在地。東花園成為國民政府社會部、地政部、水利部和僑務(wù)委員會；西花園則成為國民政府主計處、軍令部，總統(tǒng)府軍務(wù)局、首都衛(wèi)戍總司令部。1948年5月20日，蔣介石、李宗仁在"行憲國大"分別當選總統(tǒng)和副總統(tǒng)后，國民政府改稱總統(tǒng)府。1949年4月23日南京解放，24日，中國人民解放軍占領(lǐng)總統(tǒng)府。從此，揭開了中國歷史新的一頁。

南京解放后的近50年中，總統(tǒng)府一直作為機關(guān)的辦公場所。 自20世紀80年代以來，機關(guān)單位陸續(xù)搬遷，并于1998年在總統(tǒng)府舊址之上，開始籌建南京中國近代史遺址博物館。經(jīng)過精心的規(guī)劃和五年的建設(shè)，至2003年已初具規(guī)模。目前，博物館總占地面積為9萬平方米，共分三個參觀區(qū)域。中區(qū)（中軸線）主要是國民政府、總統(tǒng)府及所屬機構(gòu)。西區(qū)是孫中山的臨時大總統(tǒng)辦公室、秘書處和西花園，以及參謀本部等。東區(qū)主要是行政院舊址、馬廄和東花園。一系列展館和史料陳列，則分布在這三個區(qū)域中。今天，總統(tǒng)府正以諸多保存完好的近代中西建筑遺存，國內(nèi)獨一無二且厚重的歷史文化氛圍，珍貴的文物和史料，風景優(yōu)美的自然環(huán)境，以及近30000平方米的休閑服務(wù)區(qū)，熱情地歡迎來自全國和海內(nèi)外的佳賓。