中國自古以來有個傳統，地方官上任前必須先謁孔廟而后臨政，所以在每個大城市，孔廟都是不可或缺的建設之一，而臺南孔廟，是全臺灣最早建立的一座文廟。鄭成功復臺初期，由于軍務倥傯，無暇顧及文教建設。直到明永歷十九年，輔政的鄭成功舊部——陳永華，眼見在臺的各項措施已漸就緒，為提倡文教事業，邊奏請當時在位的鄭經興建“先師圣廟”，經過二次上奏，才終于打動鄭經，決定采納陳永華的建議，為本省的儒學發展奠定了基礎。清康熙二十三年，朝廷將“臺灣府學”設計于此。此后，到臺灣割日的二百余年間，臺南孔廟共經歷三十多次的修建，直到清末建省前，“臺灣府學”一直是臺灣士子心目中的最高學府，文教地位無與倫比，因而博得“全臺首學”之名。